Análisis de redes

• Breve introducción y conceptos básicos

  • Redes como herramienta para la Biología de Sistemas

  • Caraterización de firmas moleculares

• Herramienta STRING (https://string-db.org)

  • Descripción de las funcionalidades

  • Hacemos una red a partir de una firma molecular y exploramos sus interacciones, sus clústeres y sus funciones.

  • Más allá: Hacer GSEA con STRING

• Cytoscape

  • Cargamos y visualizamos una red

  • Priorizamos nodos con NetworkAnalyzer

  • Hacemos clusters en una red con ClusterMaker

  • Caracterizamos los clusters con funciones con BinGO

STRING: https://string-db.org

Bajamos cytoscape desde aquí: https://cytoscape.org

chmod 755 Cytoscape_3_10_4_unix.sh

./Cytoscape_3_10_4_unix.sh y seguir instrucciones

Si la isntalación va mal, necesita java 17: sudo apt-get install openjdk-17-jdk