Introducción al análisis de datos ómicos
Cuándo: 10 y 11 de octubre de 2022, de 9 a 12:30 am
Dónde: Aula Francisco Grande HU-FJD
Tipo: Presencial
Imparte: Unidad de Bioinformática IIS-FJD
Póster del Curso 2022
Programa completo
Organizado por la Unidad de Bioinformática del IIS-FJD
Material del Curso
Módulo 1: Análisis Genómico. Bases de datos, protocolos (pipelines) detección de variantes y análisis.
Raquel Romero
Plataforma de filtrado y priorización de variantes: Franklin
Vamos a tener un entorno común para trabajar en Franklin con datos chiméricos ya subidos: Recibirás una invitación de la web franklin (https://franklin.genoox.com/) para formar parte del grupo de trabajo IIS-FJD, para poder ver el material compartido. Acepta la invitación y regístrate.
Visualizador de secuencias: IGV
Descárgate IGV aquí:
Material Prácticas Genómica
Módulo 2: Análisis Transcriptómico. Aplicaciones, pasos de una pipeline de cuantificación de expresión, análisis exploratorio de las muestras, normalizaciones y expresión diferencial.
Gonzalo Núñez Moreno
Manual de Prácticas RNASeq
Carpeta Práctica RNASeq
Presentación Transcriptómica
Módulo 3: Análisis e interpretación funcional de experimentos ómicos. Bases de datos, programas de enriquecimiento funcional y de análisis de redes biológicas.
Pablo Mínguez
Herramientas de enriquecimiento funcional: Panther, EnrichR, miRPath, ShinyGO
Listas de genes a modo de ejemplos para ejercicios: LISTAS
Conversor de identificadores y anotación: BioMart
Consulta de ontologías: OLS
Gene Set Enrichment Analysis: GSEA
Registrarse en GSEA para bajarse el software: Registro GSEA ... o bajar software de la carpeta: GSEA-software
Reducción y visualización de listas de términos de Gene Ontology: Revigo
Modelos mecanísticos en rutas metabólicas: Hipathia
Redes de asociación funcional entre proteínas: STRING
Redes de proteínas y drogas/compuestos: STITCH
Programa para el análisis de redes: Cytoscape
Conversor de IDs: BioMart
Algunos videos sobre ómicas y métodos (Lars Jensen): https://www.youtube.com/c/LarsJuhlJensen/videos
Prácticas Interpretación Funcional
Presentación Interpretación Funcional y compartición de datos
Algo de ruido de fondo ..